La sanificazione è un'attività molto importante in quanto, durante il loro funzionamento, le apparecchiature producono una notevole quantità di condensa con l'aria che attraversa le batterie di scambio e trasporta con se polvere/microorganismi che dunque si depositano sulle superfici umide.
Condizioni ideali per microorganismi che quindi proliferano, aumentando il rischio di contaminazione nell'aria.
Si evince che la periodica pulizia e la sanificazione di questi componenti è determinante per garantire un uso sicuro dell'impianto di condizionamento.